海外からの帰国便が遅れたために、成田からの国内線乗継便に乗ることができませんでした。航空機遅延費用は、国内便の乗継遅延も対象になりますか？

はい。帰国便が遅れたために国内線の乗継予定便に搭乗できず、代替機を利用した場合なども航空機遅延費用等補償特約の補償対象です。ただし、乗り継ぎ地への到着時刻から６時間以内に代替機の利用ができた場合は、補償対象にはなりません。